Debido a que los mecanismos de trasmisión de estos parásitos, así como las fuentes de infección todavía no son muy conocidas, la prevención en las microsporidiosis no se puede establecer claramente. Sin embargo, tomando en cuenta algunos datos que se conocen acerca de la sensibilidad de las esporas al calor y a la congelación, se puede sugerir la aplicación de estos medios físicos para evitar infecciones.
También por analogía con todas las parasitosis que se adquieren vía oral y por un hecho probado de que los aerosoles son importantes en la diseminación de estos organismos, se puede sugerir el lavado de manos y de hortalizas y frutas que se ingieren sin cocinar.
Relacionado con estos mismos hechos, es recomendable para el personal de hospitales que manejen pacientes inmunológicamente deficientes, un estricto control higiénico.
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